До 1959 на территории нынешней Экваториальной Гвинеи находилась колония Испанская Гвинея. В 1890-х годах началось активное проникновение испанцев на о.Фернандо-По. После Первой мировой войны Испания установила военный контроль над Рио-Муни.
До 1960-х годов колониальные власти осуществляли строгий политический контроль над африканцами. В колонии проводилась политика расовой сегрегации. Смешанные браки между белыми и африканцами преследовались по закону. После 1950 колониальная администрация предприняла ряд шагов по экономическому развитию Фернандо-По. В 1959 Фернандо-По и Рио-Муни, а также близлежащие острова были объявлены заморскими провинциями Испании, и местное население получило статус испанских граждан. Обе провинции находились под управлением испанского генерал-губернатора, наделенного военными и гражданскими полномочиями. На референдуме, проведенном в декабре 1963, население обеих провинций высказалось за предоставление Испанской Гвинее внутренней автономии. В соответствии с введенной в 1964 системой управления, генеральный комиссар, представлявший правительство Испании, сохранял контроль в сферах внешней политики, обороны и поддержания внутреннего порядка, а некоторые экономические и административные функции были переданы местному правительству.
В 1960-е годы расширилось движение за независимость. На всенародном референдуме, проведенном в августе 1968 под эгидой ООН, население высказалось за независимость и одобрило соответствующую конституцию. В сентябре 1968 состоялись президентские и парламентские выборы. 12 октября 1968 страна была официально провозглашена независимым государством, а ее первым президентом стал фанг из Рио-Муни Франциско Масиас Нгема Бийого.
Первые же шаги Масиаса на государственном поприще настолько встревожили испанскую общину, что в течение шести месяцев 85% испанцев покинули страну. Последовавшие за этим гонения на сезонных отходников из Нигерии, которые трудились на плантациях какао, вынудили ок. 40% нигерийцев вернуться на родину. Потери квалифицированного персонала и неквалифицированной рабочей силы пагубно отразились на экономике страны. В 1970 Масиас Нгема еще больше упрочил свои позиции путем слияния всех политических организаций в Единую национальную партию трудящихся (ПУНТ). 14 июля 1972 он был провозглашен пожизненным президентом страны. В 1973 в соответствии с новой конституцией Экваториальная Гвинея стала унитарным государством. В том же году все испанские географические названия были заменены на африканские. Во внешней политике Масиас Нгема укреплял связи с социалистическими государствами, в первую очередь с Китаем и Кубой. Внутри страны правящий режим проводил политику репрессий в отношении бубе, живущих на о.Биоко. Около 70 тыс. бубе эмигрировали в Камерун, Габон и страны Европы. После того как в 1976 из Экваториальной Гвинеи были высланы последние нигерийцы, для сбора урожая какао-бобов на Биоко были насильственно привезены жители Мбини. В 1977 Экваториальная Гвинея порвала дипломатические отношения с США и Испанией.
Начавшиеся беспорядки и развал экономики подготовили условия для государственного переворота 3 августа 1979, который возглавил племянник Масиаса Нгемы – полковник Теодоро Обианг Нгема Мбасого. Для руководства страной был сформирован Высший военный совет. В сентябре по решению суда был расстрелян Масиас Нгема, затем восстановлены дипломатические отношения с Испанией и США и начаты политические и экономические преобразования. Самая значительная экономическая помощь Экваториальной Гвинее была оказана Испанией. Не остались в стороне и некоторые другие западные страны, а также ЕЭС и другие международные организации. В 1981–1988 позиции нового руководства укрепились благодаря открытию месторождений нефти на шельфе и принятию в 1982 новой конституции. Однако за этот период пришлось подавить четыре попытки государственного переворота. Правительство не откликнулось на призывы оппозиции ввести в стране многопартийную демократию. Вместо этого в 1986 Обианг Нгема сформировал проправительственную Демократическую партию Экваториальной Гвинеи (ДПЭГ).
1990-е годы стали для Экваториальной Гвинеи десятилетием постепенной, осторожной либерализации и репрессий против оппозиции. После вступления в силу конституции, установившей многопартийную систему, было сформировано переходное правительство во главе с Обиангом Нгемой. Новая власть пошла на легализацию оппозиционных политических партий, включая Партию прогресса Экваториальной Гвинеи (ППЭГ), и объявила всеобщую амнистию, которая распространялась и на эмигрантскую оппозицию. Одновременно в 1992–1993 были арестованы многие видные деятели оппозиции. Международные правозащитные организации, в частности «Эмнести интернейшнл», неоднократно обвиняли правительство Экваториальной Гвинеи в массовых арестах и пытках подследственных.
В 1995 руководители ППЭГ предстали перед военным судом и были признаны виновными в государственной измене, и лишь вмешательство президента Франции Жака Ширака спасло их от расправы. Оппозиция и международные наблюдатели констатировали, что все три избирательные кампании переходного периода – парламентские выборы 1993, выборы в местные органы власти 1995 и президентские выборы 1996 – сопровождались шантажом, запугиванием, подтасовкой результатов, а также гонениями на сторонников оппозиции.
